Животновъдството е отрасъл, изискващ много инвестиции, упорит труд, постоянна грижа и любов към животните. За да отглеждаш животни, трябва изцяло да се посветиш на тяхното ежедневие, на техните нужди и тяхното обгрижване. Добруджански земеделски институт разполага с две племенни животновъдни ферми – говедовъдна и овцевъдна.
Основна порода в говедовъдството е Българското черно-шарено говедо. Поддържа се стадо от около 400 глави добитък. Говедата са с характерен черно-бял цвят, с големи или по-малки разнообразни по форма петна без постоянно положение. Кожата е нежна и тънка, с гънки по шията. Главата е дълга, тясна, с благородно излъчване. Шията е тънка и дълга. Коремът е обемист, а хълбоците – големи. Крайниците са тънки. Вимето е голямо, с предимно чашковидна форма и добре развити цицки. Млечните вени са силно развити, а млечните кладенчета са големи. Кравите са с тегло 500 – 700 kg, а биците 800 – 1200 kg. Средната млечност за лактация е 4980 литра. Маслеността на млякото е 3,8%.В стадото има около 190 млечни крави, от които ежегодно се добиват около 1 милион литра краве мляко.
Овцевъдството е представено от “Североизточна българска тънкорунна порода”, създадена тук в резултат на задълбочена селекция, чието начало датира от 1952 г. Макар че през 1972 година Добруджански земеделски институт официално прекратява селекционната дейност в животновъдството, тук и до днес успешно се поддържа единственото племенно стадо в България от този тип, наброяващо около 1300 овце. Породата е с предназначение за добив основно на вълна и месо. Животните са със здрава конституция и добър екстериор. Главата е с права профилна линия, шията е замускулена. Гръдният кош е широк и дълбок, а гърбът е равен и дълъг. Руното е бяло. Краката, главата и корема са добре зарунени. Овцете са с тегло 65–70 kg, а кочовете 110–120 kg. Средният настриг на вълна е 7,5–8,5 kg при овцете и 15–16 kg при кочовете. Плодовитостта е в рамките на 125–135%. Средната млечност за лактационен период е 95–100 литра.
Породата попада сред породите, застрашени от изчезване и от 2013 г. се субсидира от ДФ „Земеделие“ по направление „Породи, застрашени от изчезване“ от Мярка 10 „Агроекология и климат“ от Програмата за развитие на селските райони за периода 2014-2020 г.. Субсидиите обаче са недостатъчни, за да покрият разходите по поддържане на стадото. Единствено благодарение на желанието да се поддържа тази ферма, която сама по себе си е уникална, и благодарение на растениевъдната дейност на института животните получават нужните храна и грижи. За изхранването им се отглеждат зърнени, бобови, тревни фуражи, силажи и сенажи – ечемик, тритикале, овес, царевица за зърно, грах, люцерна и царевица за силаж. 
Животните в Добруджански земеделски институт се отглеждат хуманно. Двата стопанисвани животновъдни обекта са регистрирани по реда на чл. 137 от Закона за ветеринарномедицинската дейност. Покрит е задължителният стандарт за свободна подова площ и са осигурени условия за отглеждане на животните, водещи до повишаване на хигиената и подобряване на тяхното здраве. Двете ферми покриват всички изисквания за хуманно отношение към животните съгласно Наредба № 4 от 8 август 2017 г. за прилагане на Мярка 14 „Хуманно отношение към животните“ от Програмата за развитие на селските райони за периода 2014-2020 г. Предприети са стъпки за субсидиране на стадата по тази мярка.